一般情況下，常規方法上殺菌溫度要120℃～130℃，時間約半小時以上；而微波殺菌溫度僅要70℃～105℃，時間約90～180秒。針對于巴式殺菌需要80℃三十分鐘以上，微波殺菌對大腸桿菌、致病菌、霉菌而言只需要75℃以上，時間約4～5分鐘左右即可。 微波殺菌主要有三個階段：***階段是迅速升溫，達到預定殺菌溫度，此階段宜用較強的均勻能量密度；第二階段是保溫過程，是使被殺菌物料的溫度處于均衡的過程；第三階段是自然或強制冷卻的過程。被加熱介質物料中的水分子是極性分子，它在快速變化的高頻電磁場作用下，其極性取向將隨著外電場的變化而變化，造成分子的運動和相互摩擦效應，使微波場的場能轉化為介質內的熱能。是物料溫度升高從而達到微波加熱殺菌的目的。