微波在醫藥業的設備主要應用于藥丸（水丸、蜜丸、水蜜丸等）、藥片、藥粉、藥顆粒各種口服液、中西藥材等的干燥與殺菌處理。

長期以來，我國醫藥加工業都是采用傳統的加熱干燥、殺菌方式，如采用熱風、遠紅外進行藥品的干燥，用高溫高壓，鈷60等進行殺菌。它們不僅熱效率利用率低、加熱時間長、占地面積大不利于環保，同時，殺菌要在1Pa、120℃的高溫下，保溫20～40分鐘，而藥品的藥效和營養成份必將受到一定程度破壞。而采用微波干燥、殺菌能充分發揮微波干燥、殺菌特性，就可以解決傳統加熱的弊端。用精心設計的藥丸微波干燥機，加工的藥丸不龜裂，一致性好，保持原樣性，延長了保質期。