在袋裝食品的殺菌保鮮問題上，微波的穿透性、不破壞營養成分和低溫殺菌等點，呈現出明顯的優越。上海口福食品總廠選用2450兆赫微波，對袋包熏魚、叉燒、麻雀、肉松等熟食品的殺菌處理，細菌殺滅率在95%以上。
    實踐表明微波殺菌可廣泛用于各種熟食品（魚、肉、豆制品、醬菜等）和飲料。近年來魚片干的市場需求不斷增長，部分產品還遠銷國外，但長期以來均因缺乏有效殺菌手段而出現產品霉變現象，采用2450兆赫40千瓦微波處理設備，不僅具有加熱干燥功能而且有殺菌滅酶效果，現已廣泛應用于魚片烘干和熟化烘烤，節能效果50%以上，魚片酥軟可口。

現在微波技術廣泛用于牛肉干、豬肉脯、魚片、醬囟肉、鴨肉、雞肉等制品的熱化、干燥和殺菌，成功地將該產品推向市場取得良好的效果。如果該醬囟肉不采用微波殺菌和保鮮技術，則三天左右時間將會腐敗，嚴重影響銷售，達不到預定經濟效益。在系統生產熟食品的整個過程中安排一段微波殺菌保鮮工藝將解決延長食品保鮮的關鍵手段，肉制品經微波殺菌后，其鮮度、嫩度、風味均保持原樣，衛生指標完全可低于國家食品衛生標準，貨架貯存時間可達6–7個月，微波對肉制品殺菌、保鮮技術的成功應用，由原來保鮮期3天，延長到6–7個月，已將該項技術成果提高到嶄新階段。

殺菌，而包裝材料如PET塑料、玻璃、紙張、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不會發熱，這樣產品更衛生，避免二次污染。不過需要注意的是，由于金屬、鋁箔可以反射微波而不被穿透，所以包裝材料不能采用金屬材料或者含有金屬成分（如貼有鋁箔的塑料薄膜）。其次，用微波處理袋裝或瓶裝藥、食品時，因包裝內的食品、藥品會發熱，造成氣壓升高，如果完全密封且氣壓過大，氣壓可能會沖破包裝。解決的方法有：

1、先用微波殺菌然后迅速密封或加蓋。

2、密封后放置要壓力容器內再用微波殺菌。

3、真空包裝后再用微波殺菌。